看到志蓮淨苑的災難狀況，志蓮同人和香港佛教界倍感憂慮，深恐志蓮因無人主持，令大好佛地荒廢，道場淪為丘墟，遂自發集合起來，共商解困之計。1943年5月16日，在東蓮覺苑藏經閣舉行的會議上，決定組織有志蓮同人、債團人、佛教界人士參加的志蓮維持委員會，靄亭法師、仁波法師、浣青法師、藍昌源居士、陳慧婉居士五人（後再增加林楞真居士）為常務委員，推舉靄亭法師為召集人。一周後舉行的常務會議上，又決議公函禮請靄亭法師為志蓮淨苑第二任住持，任期三年，負責處理苑內外一切事務。
靄亭法師是國內及香港著名高僧，亦為當代教育的推動者，早年畢業於杭州華嚴大學，1928年住持焦山竹林寺時創辦竹林佛學院培養僧才，以此創舉開風氣之先，帶動了後來多所佛學院的出現。1932年，法師應何東爵士夫人張蓮覺居士之邀來到香港，除主持東蓮覺苑的「寶覺佛學研究社」展開佛學教育外，又發行
廣泛宣傳佛教文化，並協助張蓮覺居士創立「寶覺女子商科學校」，陸續在香港、澳門興辦了多所義學，更常應邀在港澳各佛教道場講經說法，法緣深厚。此時由靄亭法師臨危受命擔任志蓮淨苑住持，可謂眾望所歸，威望所致。在志蓮淨苑陞座之際，靄亭法師向眾人做了如下表述：「謬蒙維持本苑諸公，委以住持重責，深懼力不勝任。惟以道場成敗，關係法化前途至深且巨，誼之所在，不容推諉，只好勉盡棉力，聊效奔走之勞。至於將來如何復興，如何發展，還希諸位一本以往護法精神，協力推動，深信前途光明，實無限量。語云：眾擎易舉，有願必成，現在多培植一分善因，將來必多收穫一分善果，謹誓真誠，願與諸君共勉焉。雖然如是，即今陞座一句，如何舉揚:
『將此身心奉塵刹，是則名為報佛恩！』」
兵荒馬亂之中，要維持一個完整的志蓮淨苑是極其艱難的，能保持現狀即屬幸事。清理內外債務，登記苑舍房屋土地，申請減免地稅，諸如此類刻不容緩的繁雜事務必須及時處理，經費入不敷出還需設法募捐……世道混亂，佛門淨地也無一日安寧， 靄亭法師在淨苑常務理事會上曾這樣報告：「本苑樹木也常有村匪土痞強偷暗斬，本人每日看守，與土痞奮鬥，曾有一次拿獲一賊，原擬送到憲兵隊究治，但以小事而要其吃苦，只得放之……」 處境之難，由此可見一斑。1945年2月，日佔政府強徵志蓮淨苑場地，命令所有佛像、物品都必須搬走，幸有法雲精舍大力相助，借與用地、房屋以安奉佛像莊嚴品及一切傢俬，還需委託日本佛教佈教士
幫忙申請保存淨苑的全部建築物。在此期間，弘智尼師和護法居士藍昌源、林楞真、王學仁、陳靜濤、王道等人與靄亭法師同心同德，為維持志蓮淨苑殫精竭慮，功不可沒。
1945年8月，第二次世界大戰以日本戰敗投降告終。9月16日，英國海軍少將 Cecil Harcourtz 在香港代表英國和中國接受日軍投降，香港又重新回到英國的統治之下。
同年，香港佛教聯合會正式註冊成立，靄亭法師與後來成為志蓮淨苑第七任住持的瑞融尼師均為創會者。
此時德高望重的靄亭法師已到望六之年，尚有諸多未了心願，他決意辭去志蓮淨苑住持職務，謝絕了眾人的一再誠懇挽留。於是在9月23日，志蓮淨苑的特別理事會議又推舉弘智法師為第三任（臨時）住持，聘書任命。
剛剛經歷過戰爭蹂躪的香港，政府尚未恢復，秩序陷於真空，又面臨通貨膨脹、失業、搶掠、衛生狀況惡劣等嚴重的社會問題。志蓮淨苑劫後餘生，已與戰前生氣勃勃的面貌無法相比，日軍強征志蓮長期佔用，待戰後人們重新回到淨苑時，「寸木沒有，門戶洞開」，「滿目蒼涼，遍地荊棘，水源斷絕，只靠挑井。盜賊紛乘磚石瓦木，如取如攜，打石伐樹，偷搶鐵枝，強奪水喉，幸值衛生局為水源事到苑調查，匪眾始稍斂跡」（1946年10月6日 志蓮特別理事會記錄），
。弘智法師遂從修理房屋開始，率眾重興道場，然而經濟能力有限，只能局部進行。
關於志蓮淨苑的性質，在維持委員會聘任靄亭法師作第二任住持的聘書上，已經明確為十方叢林。1946年10月，有四眾到志蓮，發起將志蓮淨苑擴組為女眾十方叢林。因港九地區沒有尼眾十方叢林，各當家、住眾、居士原計劃以位於屯門的著名古寺青山寺為之用，但青山地處偏遠，交通不便，志蓮淨苑從各方面考量更加因緣具足，於是當年成立了有各方參與的「十方尼眾叢林籌備會」，由仁波法師、弘智法師、瑞融法師、林楞真居士和張慧炬居士任委員，在眾人的共同努力下，把志蓮建成女眾十方叢林漸成現實。
1947年6月2日的特別理事會決定：志蓮淨苑舉辦女眾道場，成為女眾十方叢林；由志蓮創辦人之一藍昌源女士協同志蓮同人、香港佛教聯合會代表共同組建管理委員會。其後的1948年7月18日的志蓮同人大會上，出席者一致贊成將志蓮淨苑改為女眾十方道場，並決定註冊為有限公司。會上即席推選出以海仁法師為主席的志蓮淨苑董事會，苑董十二人，負責註冊事宜並主持內外一切苑務（1949年改由王學仁居士擔任董事會主席）。
同年，志蓮淨苑設立了相應的職能部門，總務部主任由住持弘智法師兼任，海仁法師任弘法部主任，財務部主任為陳靜濤居士，庶務部主任為范慧贊居士。
葦庵法師發心建立一所女眾十方叢林的遺願實現了。
