總體規劃中，計劃建設的項目包括寺院、僧舍、安老院、提供文化福利服務的綜合大樓、中學及園林等，而以當時志蓮本身土地並不能實現如此完整的規劃。香港一向地小人多，特別是鑽石山位於市區，土地更難尋，然而早在五、六十年代志蓮淨苑一直以提供社會福利 (安老、慈幼院)、發展教育(義學、佛教圖書館)服務為己任，處處為市民謀求福祉，提高市民的精神文化生活質素，這些社會服務使政府產生一定信心，故在申請各事項及建議時也沒有即時被推翻，反而獲得建設性的考慮，政府對非牟利機構的志蓮淨苑在重建佛寺，同時進一步服務社會的計劃是給予相當支持；加之即將回歸祖國的大趨勢下，香港政府對於園林綠化方面比較傾向中國式的設計，經雙方協商後取得共識，將合作完成這一整體規劃。
1990年志蓮淨苑被納入香港政府開發鑽石山區規劃中的重建項目，故得以調配土地，政府決定將鳳德道北、鑽石山南的零散土地合併，整合為一；又配合地區性綠化計劃，將佛寺附近擬建的市政公園（即現在天王殿至山門前，荷花池的範圍）交與志蓮用作園林設計，恰好能與佛寺結合成一整體，使重建用地面積擴大。有了這塊建築用地，重建完整的佛寺才有了最基本的保障。
另香港政府對建築工程歷來有一套嚴格的管理辦法，並已定為法律，設計施工需通過繁複的審批，依據英國使用的技術體系和標準；然而志蓮淨苑的唐式佛寺將完全按照數千年來中國傳統木結構建築方法手工建造，技術依據八百多年前宋人李誡所著的《營造法式》。香港從來沒有木結構的建築先例，西方現代的結構理論也不承認中國古人靠實踐得來的傳統技術，加之政府審批部門對中國古代建築不甚了解，志蓮的設計方案要通過政府的審批制度，可想而知難度之大。
如何既能適應當今的法律，又不破壞既定傳統的設計？在艱難的審批過程中，香港建築師、結構工程師與內地的古建設計師、承建公司不斷地協調，各方均付出極大努力，必要時還需設計師作出適當的妥協和讓步，才能令這項打破常規的全新設計方案通過香港現行建築法規認可；政府審批人員對志蓮的大膽創舉表現出相當的理解與支持，提出了一些善意的指導和建議。經過反復磨合、協調、修改，志蓮唐式木構佛寺的建築設計方案終於通過審批，得以繼續進行。這項史無前例的古建工程如何得到科學認證經歷，為將來其他古建工程留下了寶貴的經驗和資料。
工程設計團隊是以張之平工程師領銜的中國文物研究所古建築保護設計部負責。他們對中國傳統文化及古建具豐富學識及深入了解，認為在香港把湮滅的唐代建築文化重現，並透過工程實踐將盛唐建築再現是極其難得的機緣。於1990年已開始構思規劃這一高難度工程。根據現存國內外的實物資料，經一系列測量工程而取得了大量數據。
在日本，鑒真和尚建造的唐招提寺雖保存完好，但樑架和屋頂已在歷次維修中有所改變；國內僅存南禪寺和佛光寺，也唯有佛光寺完整保持著唐代形式。1993年，志蓮組織中、日、港三方有關人士專程赴山西各大名刹及佛光寺考察建築實物，反覆研究，又邀請了北京的羅哲文先生、杜仙州先生及黃克忠先生等權威專家組成的顧問組，形成完整的設計方案。
眾專家對這一項目非常支持，尤其從跟隨梁思成先生多年、在古建方面造詣深厚的羅哲文先生，先後提出了不少寶貴的建議。經多次修改設計方案之後，1994年3月，文物研究所工作團隊與梁思成先生的學生、擅長古建設計的香港建築師俞宗翹先生合作，正式開始工程設計，繪製施工圖。這項工作進行了兩年多，繪製出整體嚴謹準確的施工圖，在電腦日漸普及的時代，這是具有歷史意義的最後一批手繪設計圖，俞宗翹先生為志蓮佛寺親手繪畫的建築效果圖更是精彩，彌足珍貴。
香港建築工程制度實行建築師負責制。此重大項目由著名建築工程師潘肇棠先生和結構及土力工程師黃柏林先生義務承擔了這一重大項目。
在決定採用傳統的唐代建築手法興建志蓮淨苑佛寺建築群後，宏勳法師1995年於中、港、日本，三地頻繁往返，與各方交流唐代建築技術。時至今日，當地寺院、宮殿的專業木匠大師們仍忠實地運用著這些傳統技術，宏勳法師為此多次出訪日本與掌握唐代建築技術的日本技術人員交流。日方人員有感於過去日本曾得到中國的唐文化大力推動，使本體文化得到唐文化精髓融變而成其一派；至今日本雖保存了唐代建築技術並富有經驗，但已難有機會再建立正統的唐式木構建築，他們很高興借此機會把寶貴的唐代古建藝術回饋中國，讓它重新完整地再現於中國土地之上，故願意毫無保留地提供專業技術，借此機緣報答中國文化流傳日本之恩。
日方技術人員負責具體設計，在建設志蓮唐式佛寺提出了不少積極建議，又與負責施工的中國文物研究所古建部及香港協興建築公司進行幾次磋商；瀧川寺社建築公司的瀧川昭雄先生應邀成為志蓮淨苑佛寺工程設計施工顧問，他在日本寺院建築技術領域獨佔鰲頭，當時正在平成京擔負朱雀門的修復工程。
志蓮淨苑仿唐木構建築群整體用木量達二千四百多立方公尺，為提高佛寺的持久性，必須選取經過特別技術處理的最優質木材。佐藤和彥先生替日本寺院採購專用木材經驗豐富，他欣然表示：若能將自己採購的木材作為志蓮仿唐佛寺的建築材料是極具歷史、文化意義的善事，願以最優惠價格供應充足的加拿大檜木給志蓮。
檜木是最優質的建築木材，日本早在一千二百年前使用檜木建造的法隆寺正殿和五重塔至今保存完好，有力證明了檜木的耐久性能。佐藤木材公司從加拿大進口了檜木，在日本按志蓮木構建築設計大樣圖下購料訂單，木料進行粗加工後，立即運往香港。千年良木難求，志蓮能在短期內將需要的優質木料搜集齊備，因緣難得！
志蓮重建工程使用大量灰布瓦，僅大雄殿一處建築就用了多種不同類款式的瓦。為了尋找高品質的瓦，宏勳法師率隊於中國與日本一路考察，從北京為紫禁城燒制琉璃瓦的禦窯，到江蘇宜興、廣東佛山，山西平遙等地農村燒制青瓦的窯廠，直至東瀛日本的瓦廠，為保證重建佛寺用的瓦能達到至少保存五百年，多方比較後，最終決定採用日本寺院建築專用的優質瓦，並聘請日本瓦製作技術專家小林章男先生，他亦是被文部省指定為特種技術持有人，志蓮全部灰布瓦、瓦當、獸面脊頭瓦和鴟吻等也是他在工廠燒制而成。裝飾志蓮淨苑屋頂的鴟吻是參考唐招提寺金堂的鴟吻製作的，高度達一米以上，原原本本保持著唐代的風格。
1991年5月2日，志蓮淨苑第一期重建工程舉行動土典禮，禮請大嶼山寶蓮禪寺聖一大和尚主持灑淨儀式。
志蓮重建工程分三期進行。第一期工程以社會福利設施為主——安老院和志蓮中心大樓，中心大樓包含圖書館及對外綜合活動設施。第一期重建是在政府對社會公益事業的肯定和支援下於1992年開展，1994年完成；第二期工程以僧舍為主於1996年順利竣工；第三期工程是志蓮淨苑佛寺唐式木構建築群，預定在1997年香港回歸中國時竣工。為配合第三期佛寺建築的唐代風格，第一、二期重建時外觀設計採取簡化的仿唐形式，而具備現代化功能，以達到結構形式及整體格調與第三期的仿唐木結構群設計統一和諧的效果。
1994年1月3日，志蓮淨苑佛寺奠基典禮在中國佛教協會主席趙樸初居士、副會長明暘法師、香港佛教聯合會會長覺光法師、聖一大和尚及董事局主席胡仙小姐主禮下舉行。
同一天志蓮護理安老院及志蓮中心舉行開幕典禮，主禮嘉賓有衛生福利司黃錢其濂女士及演藝界譚詠麟先生、曾志偉先生、梅豔芳小姐等。
第三期重建佛寺工程展開，總承建商聘請香港資深建築商——協興建築有限公司輔助業主與各方實際施工時作出協調。協興公司總經理陳錦靈先生熱愛中國古建藝術，且素有研究，他是非常熱心慈善事業，除了在收費上給予志蓮極大的支持，他也積極動員各專業隊伍來參與工程。
木結構施工方面，聘請安徽省古建園林市政建設總公司，他們為了建造這項宏大規模的工程，組建了一支具豐富古建築經驗的施工隊伍，他們曾參與國內外多項古建園林工程的專業技術人員，於1995年2月進駐設在廣東省東莞市虎門鎮的太平木廠，開始試生產萬佛塔、普同塔、藏經樓等殿堂的木構件。為加快木構件的生產進程，確保工程按時完成，1996年初，又在東莞市的茶山鎮籌備第二生產場地，同年3月份就緒投產。茶山廠主要生產大雄殿、天王殿、鐘樓、鼓樓、復廊及前廊等殿堂的木構件，太平木廠則生產藥師殿、觀音殿、念佛堂、客堂、祖堂、山門、東西廊門及長廊等殿堂的木構件，各殿堂的木構件生產就此全面鋪開。
茶山木廠和太平木廠，佔地面積有3萬多平方米。生產車間內配置了各種機械設備，以機械化與手工操作互相配合方式進行木構件加工與制作。由生產管理以致質量控制提供完善設施，又為生產提供了必須的物質及充足的條件，如專門闢出場地搭成簡易房和倉庫，儲存生產前半成品木料和生產後存放成品構件，故能在兩年多的時間內完成十幾萬件木構件加工製作。1997年3月份開始安裝木構件，只是用了短短10個月已完成全部安裝，同時基本完成了鋪蓋天面瓦，不僅確保能在1998年1月6曰佛寺開光慶典活動按時舉行，而且也是古建築史上保質量工期的成功範例。
通過1995年生產前的準備，從1996年3月至1997年10月，完成了全部木構件的製作、包裝和運輸任務後。12萬多件木構件分佈在各個殿堂個別位置上，其用「材」不同。如何按質、按量地制做好，完成工程的堅實基礎，除了依靠具備古建築方面扎實的理論基礎和實踐經驗的技術人員，亦需要有基本功和豐富的經驗工匠；另一方面，在解決技術問題和木構件做法的同時，還需要嚴格管理和周密的部署，如擬定生產程序，遵循木構件製作流程等。確保工程順利完成，具體的生產程序主要有以下幾個方面：
一) 制定施工方案：由參與工程的日本專家積極支援中方工程人員，體現設計意圖，提供更好的工具和方法，給予實際的建議。
二) 參考日本專家的意見：日本千年以來收藏了大量唐代建築資料，後世又對唐代古建進行長期的保養和研究，故掌握的理論知識比較系統，實踐經驗豐富。
三) 預製1:1放樣圖：志蓮在施工中突破以往的傳統程式，用三合板做1:1樣板，再以此為標準做實體木構件。由工程顧問的瀧川先生親自指導放樣，為減少施工誤差，安徽工程人員把一比五的轉彎斗栱作預組裝測試，確保現場的一比一實體構件組裝成功。
四) 建立了竣工建築物的三維資料庫：武漢測繪科技大學的專家一直緊跟工程，嚴格量度施工隊製造的全部木構件，將資料登錄電腦進行預裝，以保證實施的精準。他們以科學標準對工程進行嚴謹的全程監察、驗收，並建立了竣工建築物的三維資料庫。他們對整項工程的電腦測量記錄，成為中國古建築學珍貴的實例資料。
佛寺木構建築群於1997年底落成，從設計始計，志蓮重建的全過程共約七年時間，而佛寺的全部施工僅僅歷時三年。
志蓮淨苑唐式佛寺木構建築群獲得一系列的獎項，1998年，獲優秀結構設計獎（Best Structural Design in 1998/99）；1999年，獲美國建築學會頒發獎狀（AIA HONG KONG CITATION 1999）；2000年，入選香港十大優秀建築，獲香港十大傑出工程項目獎。2015年初，又在香港建築中心發起舉辦的「十築香港──我最愛的香港百年建築」活動中勝出，名列「十築」之中。
2000年5月18日，志蓮佛寺正式向公眾開放，隆重的《志蓮淨苑暨蓮園開幕典禮》在天王殿前舉行，香港佛教聯合會會長覺光法師、香港政府政務司司長陳方安生女士出席儀式，甚多中外記者採訪報導。覺光法師的致詞盛讚新建的志蓮佛寺體現了中國傳統建築和佛教藝術的精粹，預言她將負起服務社會、淨化人心的責任，為本港佛教的勝地。